Kendati Timor Timur sudah lepas dari tangan Indonesia, ternyata kasus kejahatan HAM di Bumi Loro Sa'e itu terus menghantui. Tragedi di Timor Timur setelah jajak pendapat akan menjadi kasus HAM perdana yang akan diadili oleh para hakim HAM ad hoc di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat.

Kasus HAM Timor Timur bermula dari keputusan Presiden B.J. Habibie untuk melepaskan Tim-Tim, bila masyarakat di sana menampik otonomi khusus tawaran Jakarta. Pendaftaran peserta untuk menentukan pendapat apakah tetap bergabung dengan Indonesia atau merdeka dimulai pada 16 Juli 1999. Jajak pendapat atau referendum berlangsung pada 30 Agustus 1999. Hasilnya diumumkan pada 4 September 1999.

Ternyata, kemenangan ada di pihak prokemerdekaan. Hasil itulah yang kemudian membuat para pendukung integrasi, terutama para milisinya, berang. Situasi Timor Timur jadi kacau. Desing peluru dan jerit tangis terjadi di mana-mana. Dili dilanda lautan api. Ratusan ribu pendukung integrasi mengungsi ke Nusatenggara Timur dan ke bukit-bukit di sekitar Dili.

Jelas, Indonesia sulit menghindari tanggung jawab atas tragedi itu. Bagaimanapun, tanggung jawab keamanan di Loro Sa'e saat itu ada di tangan Indonesia. Hal itu sesuai dengan kesepakatan Menteri Luar Negeri Indonesia Ali Alatas, Menteri Luar Negeri Portugal Jaime Gama, dan Sekretaris Jenderal PBB Kofi Annan, pada 5 Mei 1999. Selain itu, yang terlihat melakukan huru-hara di lapangan adalah sejumlah anggota milisi yang diduga disokong oleh militer Indonesia.

Itulah yang membuat kalangan internasional mendesak PBB untuk menyeret sejumlah tokoh militer Indonesia ke Mahkamah Inter-nasional. Jhony Lumintang malah telah dihukum untuk membayar ganti rugi US$ 66 juta di pengadilan Amerika Serikat. Sebagai Wakil KSAD yang bertugas sebagai pemegang komando operasi lapangan, Lumintang dituding alpa menjalankan tugasnya.

Belakangan, Kejaksaan Agung menetapkan 19 tersangka pada kasus HAM di Bumi Loro Sa'e. Tapi mereka kebanyakan cuma pejabat militer, polisi, dan sipil di lapangan. Beberapa di antara mereka adalah mantan Pangdam Udayana Mayjen TNI Adam Damiri, mantan Gubernur Tim-Tim Abilio Soares, mantan Kapolda Tim-Tim Brigjen Timbul Silaen, dan mantan Komandan Satgas Tribuana Yayat Sudrajat. Sampai kini pejabat tinggi di atas mereka, termasuk mantan Panglima TNI Wiranto, tak kunjung dijadikan tersangka.

Gejala serupa juga terjadi pada kasus kejahatan HAM di Tanjungpriok, Jakarta Utara, yang terjadi pada September 1984. Kasus ini bermula dari Musala Assa'adah di Kelurahan Koja Selatan, pada 8 September 1984. Saat itu, Hermanu yang menjadi bintara pembina desa (babinsa) menghapus tulisan di sejumlah pamflet di dinding musala dengan kertas koran yang dicelupkan ke dalam comberan. Padahal, tulisan di pamflet itu biasa-biasa saja, seperti menganjurkan wanita mengenakan jilbab.

Saat Hermanu melabur pamflet, warga datang menonton. Kabar lalu berkembang bahwa babinsa itu memasuki musala dengan sepatu botnya. Mendengar itu, jemaah jadi berang. Senin pagi, 10 September, ketua pengurus musala menjumpai Hermanu. Ternyata, jawaban Hermanu berbelit-belit, hingga membuat massa yang menonton mulai marah dan menghajarnya. Motor milik babinsa itu digeret ke jalan dan dibakar. Dari kejadian pagi itu, aparat meringkuk Ahmad Sahi, Sarifudin Rambe, dan Sofyan.

Pada Rabu, 12 September, masyarakat mendirikan tenda di Jalan Sindang Raya, Tanjungpriok. Beberapa orang memberikan ceramah di sana, termasuk Amir Biki, tokoh masyarakat Tanjungpriok. Amir mengecam penggusuran rumah di kawasan itu dan juga mendesak aparat untuk melepas beberapa warga tadi.

Setelah acara ceramah usai, massa bergerak ke Kodim Jakarta Utara untuk menuntut pembebasan kawan-kawannya. Aparat keamanan datang menghadang. Sas-sus beredar bahwa perintah datang langsung dari Pangdam Jaya saat itu, Try Sutrisno, dan Panglima Kopkamtib Benny Moerdani. Aparat memberondongkan peluru. Terjadilah kerusuhan massal. Korban berjatuhan, termasuk Amir Biki.

Menurut A.M. Fatwa, anggota DPR yang pernah dibui karena terkait kasus Tanjungpriok, secara nasional yang paling bertanggung jawab atas kasus Tanjungpriok mestinya Soeharto. Setelah itu, Benny Moerdani dan Try Sutrisno, serta Komandan Kodim saat itu, A.R. Butar Butar.

Tapi Soeharto dikabarkan sakit keras. Benny juga sakit. Dan Try Sutrisno tak jua dianggap bertanggung jawab. Sudah begitu, sampai kini pun kejaksaan tak kunjung menyidik kasus pelanggaran HAM Tanjungpriok.